Al poco de estallar la Guerra Civil Española en 1936 el Instituto continuó existiendo en el bando nacional mientras que en el republicano se le cambió su denominación por el de Guardia Nacional Republicana y poco después desapareció al ser absorbido por un nuevo cuerpo de seguridad pública, que unificó diversas instituciones de carácter policial. En cada zona ó región la actuación fue distinta y no hubo una decisión unificada de todo el Cuerpo hacia un bando u otro. Barcelona y Madrid vencieron a los sublevados gracias a la lealtad de los guardias civiles con el gobierno democráticamente instituido. Destacan las actuaciones del entonces Coronel Escobar y del General Arangueren en Barcelona, denegando las peticiones del golpista Goded y mostrando su lealtad a la República y al Presidente Companys. Finalizada en 1939 la trágica contienda, se procedió a una profunda reorganización en el seno de la Guardia Civil, debido en parte a casos como el del General Escobar, que a pesar de sus creencias había mantenido su apoyo al Gobierno electo de la República hasta su fusilamiento por el bando Nacional. La Guardia Civil absorbió además al año siguiente, mediante la Ley de 15 de marzo de 1940, al Cuerpo de Carabineros1829, y sus misiones de represión de contrabando y fraude, especialmente en costas y fronteras. fundado en
Desde entonces la Guardia Civil fue evolucionando, afrontando a lo largo de una década el grave problema de la guerrilla o maquis de la posguerra civil, aumentando su plantilla, asumiendo nuevas misiones y creando diversas especialidades que como la Agrupación de Tráfico en 1959. Tareas civiles que, con los años, hirian suplantando el cometido militar de un cuerpo diseñado, desde su inicio, para proteger a la población civil.
